nature reviews genetics | 基因调控网络方法总结

什么是基因调控网络（GRN）？
染色质、转录因子和基因之间的相互作用产生了复杂的调控回路，可以把这调控回路表示为基因调控网络 （GRN），调控结果的表现形式之一是转录（基因表达）的改变。

转录主要由转录因子 (TFs) 调控，这些转录因子是能够结合到特定 DNA 序列（DNA 结合位点）上的蛋白质，它们可以影响基因的转录速率。

基因组 DNA 紧密地与结构蛋白包装成核小体（染色质的基本单位）复合物，使得大多数基因对于转录机制是不可及的。为了使转录发生，基因转录起始位点附近的区域（启动子）需要通过把核小体移开使其暴露展现出来。

DNA 可及性的改变可以通过所谓的先锋 TFs 的结合触发。其他 TFs 可以结合到 DNA 的远端顺式调控元件（cis-regulatory elements，CREs）上，并与辅助因子和其他蛋白质合作，共同使 RNA 聚合酶复合物聚集和稳定下来，从而发生转录(mRNA)。