ImageJ、Fiji、Image pro plus，保姆级安装教程+安装包分享

作者：南京福麦斯生物发布时间：2024-10-23

除了 ImageJ，大家应该还听说过 Fiij（Fiij is just Image J ）、Image pro plus。如果你不知道这三者该选哪一个作为你的生物图像分析处理软件，不妨看看以下对这三个软件的对比分析。文章内也分享了安装教程，三个工具的安装包以及工具的配套教程打包好了，有需要在福麦斯生物公众hao回复“实验06”就能下载。

一、Image J

1、ImageJ 介绍

基于强大的图片分析与处理功能，Image J在科研中的应用极为广泛。2021年被Nature评为十大影响科学的代码。最关键的，这款软件是完全免费！

ImageJ 是一个基于 java 的公共的图像处理软件，能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印 8 位，16 位，32 位的图片，支持 TIFF，PNG， GIF， JPEG， BMP， DICOM， FITS 等多种格式。
支持图像栈（stack）功能，即在一个窗口里以多线程的形式层叠多个图像，并行处理。只要内存允许，ImageJ 能打开任意多的图像进行处理。
除了基本的图像操作，比如缩放，旋转，扭曲，平滑处理外，ImageJ 还能进行图片的区域和像素统计，间距，角度计算，能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。

ImageJ 的科研应用：

①免疫组织化学/原位杂交目的区域光密度分析

② 共聚焦图像中两种蛋白共定位的程度（相关系数计算）

③免疫荧光图像分析:计数兴趣区大小、阳性点密度、数量，结构长度分析

④ 高尔基染色的神经元或者共聚焦显微图像中表达EGFP等神经元突起（树突、轴突）长度测量，Sholl分析，突触棘计数

⑤阳性细胞技术

等等...

ImageJ 的优点：

免费（不用担心知识产权问题），程序小，运行快，操作简单，不断有新的插件加入，非常适用于经费有限的实验室以及初入门的神经科学研究生。
如果只需要一些基础的操作，例如Western Blot条带定量、荧光定量等，推荐大家选择ImageJ。如果基本功能不满足，也可以自行安装其它插件。

小tips：如果需要使用的插件比较多（正好你还是生命科学领域的研究人员），更推荐下面说到的fiji（fijiis just ImageJ），它是ImageJ的版本之一。详细介绍可看下文对fiji的介绍。

2、lmageJ 安装

lmageJ 可运行于 Microsoft Windows，Mac OS，Mac OS X，Linux，和 Sharp Zaurus PDA 等多种平台。

安装包文章开头分享了。根据电脑系统选择的安装包，双击安装文件之后开始安装，安装步骤非常简单，这里就不做分享了。

注意：要在预装JAVA的计算机上安装lmageJ。

二、fiji is just ImageJ

1、fiji介绍
fiji 是 ImageJ 的版本之一，全称为 fiji is just ImageJ。fiji 就是预装了很多生物医学分析常用插件的ImageJ。如果不想手动安装插件，更推荐你安装 fiji。fiji 由于预装的插件非常丰富（如神经元追踪、荧光共定位等），所以安装包略大一些，打开速度也会略慢。

fiji 和 ImageJ 的区别：

fiji 里绑定的命令和插件超过五百个，目标用户是生命科学领域的研究人员，为此捆绑了很多该领域用户会经常用到的插件。而 ImageJ 需要手动安装插件。
另外对于 fiji 里绑定的超过五百个命令和插件，你不需要记住他们在哪个菜单和子菜单里，只要在搜索栏里输入命令的名字，就可以直接调用。

做个小补充：

fiji 不是一个全新的软件，只是 ImageJ 的一个针对生命科学用户的发布版本。但是 fiji 不是 ImageJ 唯一的发布版本。比如，面向天文学研究人员的SalsaJ，用于显微镜控制和图像获取的 µManager 等。用一句话概括的话，fiji is just imageJ， but ImageJ is not just fiji.

2、fiji 安装

安装包在文章开头分享了。fiji 在 macosx、windows（7以及7以上的版本）、Linux (64-bit) 上都能使用。

根据自己的电脑系统选择对应的安装包进行解压。

如windows 64位就选择fiji-win64.zip进行解压，解压之后点击ImageJ-win64exe，fiji直接双击就能打开软件使用，没有安装步骤。

注意：下载好安装包之后不要把安装包保存在C盘，同时保存到磁盘的文件夹命名不要出现中文字，否则软件会出现出发打开或者闪退的现象。

3、fiji 闪退的解决办法

①可能你的fiji is just ImageJ的储存目录有中文命名的文件夹。就是你解压路径中不包含中文名称目录，并且不要解压在“program files”路径中。
②不要把安装包放在C盘。
③fiji is just ImageJ需要Java环境，如果闪退那么可能是你的电脑Java版本太低。Java下载地址如下：Java SE Development Kit：https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#jdk19-windows
④其它问题可以在官方指南中找答案：https://imagej.nih.gov/ij/docs/install/windows.html#troublehttps://imagej.net/learn/troubleshooting

三、ImageJ和fiji如何选择？

看完 ImageJ 和 fiji 的介绍和对比之后，相信你对于这两个版本该如何选择，心里应该有了答案！

如果你是生命科学领域的从业者，选 fiji 就好了。没有特殊的需求，它绑定的插件足够你使用，之后就不需要你自己再手动安装插件。

什么情况下需要选择 ImageJ（ImageJ1.X）？

① ImageJ 菜单里的基本功能就能满足你的要求，不需要其他插件，这种情况下可以选择单独的ImageJ（ImageJ1.X）。因为体积比fiji小，它的启动速度也比 fiji 要快，这也是使用ImageJ的之一。
②有一些早期开发的 ImageJ 插件，只提供了后缀为.java的文件。这种情况下可以用ImageJ的plugins > compile and run命令将之编译为.class文件，然后再放到 fiji 里使用。但这种方法也有失灵的时候，这种情况下就只能在ImageJ里使用该插件了。

四、Image pro plus

1、Image pro plus 介绍

除了ImageJ和fiji，还有一个 Image pro plus，身边也有很多大佬都在用这个软件。或许你也听说过这个软件。

Image-Pro Plus 也是一款用于科学图像处理和分析的软件，它是 Image-Pro 软件系列的一部分，广泛应用于医学、生物学、材料科学和工程学等领域，可与其他软件和设备进行无缝集成。由于 Image-Pro Plus 是商业软件，用户需要购买许可证才能使用。文末分享了 image pro plus 的破解版安装包免费使用（仅供学习使用）。

image pro plus 的功能包括：

图像增强和校正功能
图像分割和测量工具
图像拼接，图像配准和图像融合，可用于创建全景图像和多模态图像
跟踪和测量运动对象，生成动态图像
直方图分析，图像分类，颜色分析和形状分析等
自动化处理流程和批量处理大量图像数据

Image pro plus 的科研应用：

合成荧光图片、免疫组化图片光密度测量、凝胶电泳图片的测量、凝胶电泳图片的测量、荧光强度测量、测量鼠脑切片的梗塞面积测量心肌纤维截面积、找两张图片的差异之处、测量划痕实验的细胞间距、测量网状的细胞壁等等。

2、Image pro plus 安装

安装包分享在文章开头了

解压文件，确保软件所放置的路径里没有中文（既所有文件夹名字里都没有中文，分区名字也没有中文，如有同学喜欢把分区命名为“软件”什么的，改成英文即可），暂时关闭 360 等卫士。以前如果装过Image-Pro Plus 需要先卸载。

打开【ipp6.0】文件夹，双击运行【start】文件

点击 Install Image-Pro Plus 开始安装

按照默认路径安装(不能修改，一定要按默认安装在c 盘，否则会导致软件不可使用)。选Typical 安装，遇到要填名称和单位的界面，随便填即可。一路 next 即可。有部分笔记本电脑(如华硕)会出现 EnTech Taiwan 驱动的错误提示，这是电脑触摸板的驱动，点关闭就行。

打开【crack 文件】文件夹，复制里面三个文件，覆盖软件安装路径下（C:\IPWIN60）的文件。

运行【ipwin32】即可打开软件，选 complete。弹出的注册对话框，勾选不再提醒，点 remind me later 即可。不用注册(其实已注册)。另一个对话框也是关掉就行。

五、imagej和image pro plus如何选择？

Image-Pro Plus 与 ImageJ均具有强大的图像分析功能。总体来看，更推荐Image J。

①在标定方面，Image-Pro Plus 标定方法及具体操作与 Image J 无明显差别；

②在 ROI 选择及基本参数测试方面，Image-Pro Plus 的操作选择方式及备选参数数量较Image J丰富；

③在添加插件功能方面，Image J 可供下载及利用的插件数量远远多于 Image-Pro Plus；

④在操作实现方面，ImagePro Plus 的一些常用操作，如 ROI 选择，参数测试等较 Image J 复杂。

⑤image pro plus 其实和 ImageJ 分析的指标都差不多，但是 image pro plus 操作起会更复杂，对初学者来说不太实用。

⑥从费用上来说，实验室资金充足完全可以购买 image pro plus 这类收费软件。但是相比起来 ImageJ 的免费使用就更经济实惠。

如何选择？

①当 Image J 和 Image-Pro Plus 基本功能都能满足测试要求时，首选 Image J。
②如果图像分割困难，或不想借助插件而能测试较多的参数，推荐 Image-Pro Plus 为首选图像分析软件。
③如果 Image-Pro Plus 和 Image J 软件的基本功能不足以满足具体测试需求，需通过添加插件来扩展功能，或者是直接安装 fiji。

以上就是对于 Image J、fiji、Image pro plus 三个生物图像分析处理软件的详细介绍，希望能对你有所帮助！