openvs实操篇我弃坑了

目前进度:
   - 给公开模块及其函数添加了文档字符串,fork地址:https://github.com/alchemistcai/OpenVS ,提交了pr申请,目前官方仓库还没合并
   - 笔记完成了小分子的指纹生成步骤

原因:
   - 使用rosetta脚本的xml配置文件,没有相关基础很难看懂意图
   - 使用slurm框架,需要额外配置文件,我尝试过,没在本地完成,无法测试
   - openvs公开的模块并不包含完整的大规模虚拟筛选流程逻辑代码；最关键的代码在示例文件夹中

   - openvs模块中大量函数和类没有被示例脚本使用,而是重新造轮子

   - 代码嵌套层次深,耦合程度高,为了推测每个函数的功能,需要不断的查看上下游函数
   - 函数功能不易于理解,整体思路以文件夹(压缩包)为核心,逻辑主体假设文件夹内有相关文件,然后生成更多的文件(夹)；下游函数使用新生成的文件夹(的父目录)为参数,生成更多的文件(夹)...
   - 示例文件夹中的readme不清晰,用自然语言而非命令行示例描述,没法按readme把示例筛选跑起来,更不要想尝试自己的项目了
   - 示例E3L中的蛋白靶点pdb文件没有,预处理脚本我没找到,应该哪个文件夹?驰豫的命令行是?论文中随机替换配体是如何进行的?

总结:openvs模块距离论文中描述的虚拟筛选平台还有较大的差距,目前接口不清晰,难以复用和拓展;另外需要rosetta本体的扎实基础.