时空日报 | Nature Methods：多模态和空间解析单细胞数据的集成可视化工具 -- Vitess
大家好，欢迎观看《时空日报》第310期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、多模态和空间解析单细胞数据的集成可视化工具 -- Vitessce
Vitessce: integrative visualization of multimodal and spatially resolved single-cell data
Nature Methods; IF: 36.100; DOI: 10.1038/s41592-024-02436-x
内容概要：
① 单细胞与空间分辨率的多组学技术赋予了研究人员前所未有的能力，使他们能够在数百万个细胞中精确地测量数千种特征。然而，尽管这些技术提供了丰富的数据，但如何同时对这些高维的转录组学、蛋白质组学、基因组映射和成像数据类型进行直观、有效的视觉分析，仍然是一个亟待解决的难题。
② 为了应对这一挑战，研究人员推出了Vitessce，一个基于Web的交互式可视化框架。Vitessce专为探索多模态和空间解析的单细胞数据而设计，它打破了数据类型的界限，使得研究人员能够在一个统一的平台上无缝地整合和展示来自不同来源的数据。
③ Vitessce通过其强大的集成可视化功能，展示了在多个协调视图中同时处理数百万个数据点的能力。这些视图不仅包含了传统的细胞类型注释和基因表达量信息，还创新性地融入了空间解析的转录本和精细的细胞分割数据。这种全面的数据表示方式，使得研究人员能够以前所未有的深度和广度来解析细胞间的相互作用、空间分布以及它们在不同条件下的动态变化。
分析工具：Vitessce，成像数据类型，网络交互式可视化框架，scRNA-seq，多组学技术，空间转录组; Keller MS, Gold I, McCallum C, Manz T, Kharchenko PV, Gehlenborg N.; Department of Biomedical Informatics, Harvard Medical School, Boston, MA, USA.
2、空间多重免疫荧光分析揭示与转移性骨肉瘤总生存率相关的协调细胞网络
Spatial multiplexed immunofluorescence analysis reveals coordinated cellular networks associated with overall survival in metastatic osteosarcoma
Bone Research; IF: 14.300; DOI: 10.1038/s41413-024-00359-z
内容概要：
① 对于被诊断为晚期骨肉瘤的患者，尤其是那些已经出现肺转移的患者，他们的五年总生存率往往极低。骨肉瘤免疫肿瘤微环境的复杂性是导致各种免疫疗法临床试验失败的关键因素之一。
② 为了深入了解这一现象，此研究进行了一项探索性分析，旨在空间上表征转移性骨肉瘤肺标本的免疫肿瘤微环境。研究结果显示，多种细胞类型、细胞间的相互作用以及细胞邻域与患者的五年生存率密切相关。值得注意的是，在五年死亡队列中，我们观察到了程序性细胞死亡蛋白1阳性的T淋巴细胞与髓源性抑制细胞之间细胞相互作用的显著增加。此外，细胞邻域分析还揭示了一个名为“免疫冷实质”的细胞邻域，这一邻域同样与更差的五年生存率相关。
③ 另一项重要发现是骨肉瘤空间评分的增加。这一评分通过评估免疫细胞和肿瘤细胞之间的空间接近度来近似反映免疫肿瘤微环境中的效应免疫活性。在五年存活者中，骨肉瘤空间评分的增加表明该患者群体的效应信号得到了改善。
④ 此研究通过空间多重免疫荧光分析，对转移性骨肉瘤的免疫肿瘤微环境进行了全面而深入的剖析。描述了各种通信网络及其与生存率的关系，这些发现为未来骨肉瘤的免疫治疗策略提供了宝贵的参考。
疾病研究：晚期骨肉瘤，肺转移，免疫肿瘤微环境，骨肉瘤空间评分，空间多重免疫荧光分析; Lacinski RA, Dziadowicz SA, Melemai VK, et al.; Department of Orthopaedics, West Virginia University School of Medicine, Morgantown, WV, 26506, USA.