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GWAS分析中PCA分层不明显怎么办?你秀什么优越感?

作者:数据分析之放飞自我发布时间:2024-09-29

大家好,我是邓飞。 今天星球小伙伴问了一个问题,直击灵魂: 飞哥 pca图群体分层不是特别明显 原因是啥呢 这个结果图可用吗? [图片] 为何会有这个问题呢,因为很多GWAS分析中都会给出PCA结果,有时候PCA分得很开,有时候还用不同颜色分组,类似: [图片] 分得很开,好像才算正常的结果! PC1和PC2解释百分比很高,好像才算正常的结果! 不是这样的!!! PCA分得很开,说明群体有分层,不适合统一放在一起进行GWAS分析,因为不是一个整体。 但是,因为样本量很小,勉强将这些群体放在一起,但是这些分...【查看原文】

GWAS数据的分析

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