时空日报 | Nucleic Acids Research：一个具有已知位点注释的空间组学参考-- Spatial
大家好，欢迎观看《时空日报》第321期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、SpatialRef: 具有已知位点注释的空间组学参考
SpatialRef: a reference of spatial omics with known spot annotation
Nucleic Acids Research; IF: 16.600; DOI: 10.1093/nar/gkae892
内容概要：
① 研究者致力于开发一个全新的空间组学数据库，名为SpatialRef。该数据库的目的是提供全面且高质量的空间组学数据，这些数据涵盖了多个物种的已知位点标签。通过广泛的数据收集和严格的审查过程，SpatialRef已经成功汇集了来自17种不同组织类型的超过900万个手动标注的位点。这些位点不仅覆盖了多种空间测序技术，还包含了400多种来自原始研究的位点/区域类型。这一数据库的建立，为空间组学分析提供了宝贵的数据资源。
② SpatialRef不仅仅是一个数据库，它还支持对已知位点类型进行多种空间组学分析。这些分析包括但不限于差异表达基因的检测、空间可变基因的识别、基因本体论（GO）和KEGG注释的应用，以及空间通信和空间轨迹的探究。通过这些分析，研究人员可以更加深入地了解组织内不同空间区域的功能关联和潜在生物学效应。
③ 为了方便用户的使用，SpatialRef设计了一个用户友好的界面。这个界面使得用户可以轻松地查询、浏览和可视化数据，从而帮助他们更好地理解空间区域在组织中的功能意义。通过SpatialRef，研究人员不仅可以获取到丰富的空间组学数据，还可以利用这些数据进行深入的分析和挖掘，为生物学研究提供新的见解和突破。
生信工具：空间组学数据库，SpatialRef，手动标注位点，多物种，空间组学分析; Cui T, Li YY, Li BL, et al.; The First Affiliated Hospital & National Health Commission Key Laboratory of Birth Defect Research and Prevention, Hengyang Medical School, University of South China, Hengyang, Hunan 421001, China.
2、机械载荷不足会下调软骨细胞中的Piezo1并通过ApoE诱导的衰老损害骨折愈合
Insufficient Mechanical Loading Downregulates Piezo1 in Chondrocytes and Impairs Fracture Healing Through ApoE-Induced Senescence
Advanced Science; IF: 14.300; DOI: 10.1002/advs.202400502
内容概要：
① 研究人员发现，机械载荷不足对骨折愈合产生了不良影响，但其具体的机制尚未完全明确。随着研究的深入，越来越多的证据表明Piezo1在骨折愈合过程中扮演着重要角色。然而，一直以来，Piezo1对软骨细胞内成骨的影响并未得到足够的重视。
② 为了探究Piezo1在骨折愈合中的作用，研究人员进行了一系列实验。他们发现，当机械载荷减少时，软骨细胞中Piezo1的表达会下调，这进而导致骨折不愈合的情况出现。进一步的研究通过单细胞测序技术分析了骨痂中的细胞，结果显示，软骨细胞中Piezo1的特异性缺失会导致肥大软骨细胞中载脂蛋白E（ApoE）的表达上调。这种上调引发了软骨细胞衰老的加剧，从而延缓了软骨向骨的转化过程。
③ 基于这些研究成果，研究人员开发了一种新型的可注射热敏性水凝胶。这种水凝胶能够在骨折部位原位释放ApoE拮抗剂，从而有效减缓软骨细胞的衰老过程。实验结果表明，这种水凝胶不仅促进了软骨向骨的转化，还加速了骨折愈合的过程。这一发现为治疗因机械载荷不足导致的骨折不愈合提供了新的方向和思路。
疾病研究：ApoE，Piezo1，软骨内骨化，骨折愈合，机械负荷，单细胞测序; Jia S, Liu W, Zhang M, et al.; Department of Orthopaedic Surgery, NHC Key Laboratory of Intelligent Orthopaedic Equipment, Hebei Medical University Third Hospital, Shijiazhuang, Hebei, 050051, China.