常用网站介绍|研究RNA与靶基因互作的绝赞数据库：Starbase（三）

上期主要介绍了ceRNA-Network模块的使用方法，本期将介绍Degradome-RNA和RNA-RNA模块的使用方法。

Degradome-RNA

该模块专门用于分析RNA的降解模式，包括miRNA-mRNA和miRNA-ncRNA两个子模块，主要是针对miRNA介导的降解片段进行测序，从而筛选和鉴定miRNA调控的靶基因，使预测结果具有更高的准确性。

这里小编以hsa-miR-107为例说明miRNA-mRNA模块的用法。首先在页面左侧选项栏中设置条件。

条件全部设置好后，页面会自动跳转预测结果，如下图所示，可在页面最下方的搜索栏中进一步查找目的信息。

1：目的miRNA切割靶基因的位点数量。

2：证实miRNA可切割靶基因的Degradome-Seq实验数量。

3：证实miRNA在某位点切割靶基因的Degradome-Seq实验数量。

4：表示在实验中观察到的特定miRNA与其靶mRNA相互作用的样本总量。

5：miRNA介导的切割事件的分类，由starscan程序评估。

6：根据研究目的输入关键词搜索。

点击“CleaveEventNum”列中的数字可查看miRNA切割位点，如下图所示。结果中“P-value”为不同物种的同源基因之间的进化保守性得分，分数越高，miRNA靶位点的保守性越高。“FDR”用于评估结果的统计显著性，值越低，结果可信度越高。点击“CleaveExpNum”列的数字可查看该切割位点具体已在哪些细胞中被证实和来源文献。

RNA-RNA

该模块主要预测候选ncRNA及其靶标之间的RNA-RNA相互作用，包括sncRNA-RNA、lncRNA-RNA、mRNA-RNA、pseudogene-RNA及miRNA-RNA五个子模块。

这里小编以人TP53基因为例说明mRNA-RNA模块的用法。首先在页面左侧选项栏中设置条件。

条件全部设置好后，页面会自动跳转预测结果，如下图所示，可在页面最下方的搜索栏中进一步查找目的信息。

1：互作基因ID。

2：互作基因名称。

3：互作基因类型。

4：互作位点数量。

5：证实两者互作的实验数量。

6：证实两者互作的高通量测序的种类。

7：表示在实验中观察到的两者互作的样本总量。

8：自由能。

9：根据Smith-Waterman算法评估，收录比对评分大于10分的分析结果。

10：连续完全匹配的最长序列长度。

11：根据研究目的输入关键词搜索。

点击“Interactions”列的数字可查看两者的结合区域和结合位点，如下图所示。界面中“MFE”为最小自由能，通常MFE绝对值越大，两者的结合可能性越大；“MaxPair”为连续完全匹配的最长序列长度。

点击“ExpNum”列的数字可查看证实两者互作的实验详情（见下图），如验证细胞、高通量测序方法、来源文献等内容。

本期主要介绍了Degradome-RNA和RNA-RNA模块的使用方法，下期将介绍RBP相关模块的使用方法，感兴趣的小伙伴可以留意一下哦~

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