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36氪首发 | 基于“AIGC+连续进化”设计蛋白,「域新说生物」获近千万元天使轮融资

作者:顿雨婷发布时间:2023-06-13

36氪获悉,AI蛋白设计公司域新说生物已完成近千万元天使轮融资,投资方为九合创投,本轮资金将用于技术研发和市场拓展。

域新说生物成立于2022年,是一家专注于全新蛋白设计的公司,简单概括其技术和应用,即利用AI进行生物元件的设计,并利用生物元件构建基因电路的开发,通过设计基因电路使得菌株及催化酶可以进行自然进化,最终生成全新功能性蛋白。

公司研发了高精度算法来设计蛋白质元件,并结合生物的“自然进化”原理,将AI设计出的蛋白质元件应用于基因电路构建。这使得微生物能够自动完成突变和进化,生成具有全新功能的蛋白质。这一技术主要应用于合成生物学领域。

据域新说生物创始人胡亦朗介绍,该技术的灵感来自与清华大学合成生物方向教授团队的合作交流。他们发现了一种将蛋白质转化为“细胞可编程的指标”的方法,即基因电路系统。这个系统非常适合优化菌株和催化酶。随后,团队利用高通量实验方法和高精度蛋白设计算法进行了大量实验测试,最终将这两套技术结合成为公司现有的技术平台。

目前,公司将应用范围锁定在合成生物场景。胡亦朗表示,相较于传统定向进化(非连续),设计基因电路进行连续进化具有更低成本、更深进化规模和更短进化周期。“在合成生物这个热门领域,这个方向具有巨大的开发前景。具体体现在两个层面:一是‘AIGC+连续进化’的开发路径比较独特;二是技术带来的选品差异化。天然产物的菌株产量通常较低,利用当前技术可以突破天然产物生产成本的瓶颈,实现商业化。”

胡亦朗解释到,目前行业内构建进化的体系,一般利用的是自然界中存在的生物传感器。而域新说当前利用AIGC算法来设计全新的生物元件可以在产品上可以出现更多的可能性。通过设计的蛋白与已经构建的技术平台,可以提高菌株的指定性质(催化效率、转化率、热稳定性等)。

据悉,在菌株优化及催化酶优化上,域新说已分别在产率和催化效率上取得了不错的成果:在研管线有4条,其中对香豆酸的管线完成了3倍以上的产率提升,另外非天然氨基酸氨酰-tRNA合成酶完成了10倍以上的催化效率提升;团队还将AIGC算法应用于催化酶设计上,成功验证4条全新设计的催化酶序列,同时热稳定性得到相应提高

胡亦朗介绍到,进化技术应用于合成生物学已经有很长一段时间了,利用AI设计蛋白在合成生物学领域是个非常经典的落地场景。在此基础上,域新说正在探索基于蛋白设计+基因电路的更多应用场景,利用现在构建的蛋白、小分子、DNA的数据集和AIGC蛋白设计的思路,探索抗体药物优化、蛋白逻辑门、特种工具蛋白等应用场景

至于技术壁垒,他指出,高精度设计生物传感器是一件相对来说比较困难的事情,不同的蛋白功能优化问题需要用多种思路来完成设计。域新说通过构建多维度的蛋白-功能预测模型,同时利用不断迭代的蛋白设计算法,从而实现基于多指标的蛋白设计算法;同样地,通过基因电路完成蛋白的进化也需要细致的研究、验证与构建,“这中间会涉及大量的‘know-how’及功能性蛋白元件的知识”;最后,两者的理性设计最终组织成具体的实验方案是需要对这两个指标有充分理解的。目前域新说在此均已实现了技术攻关。

团队方面,创始人胡亦朗毕业于牛津大学化学系,具有二代基因测序生信分析经验,并曾在贝壳如视事业部负责AI空间设计算法。他在化学、仿真、生信和AI算法等交叉领域拥有丰富的经验和背景。创始团队均来自牛津大学。联合创始人夏晋具有咨询相关经验,并曾于英国GSK研发总部做过蛋白研究。联合创始人王晨阳毕业于牛津大学以及康奈尔大学,曾工作于字节跳动负责深度学习算法研发。科学顾问则是来自清华大学的合成生物方向教授,他长期致力于合成生物学领域研究。

胡亦朗透露,公司目前正在进行核心管线的研发及商业化阶段,目前已经有生产厂商达成合作意向,公司也正处于业务拓展的节点上,期望同行业交流,将团队技术应用于行业,更好地服务于合成生物学行业;另外公司也正在寻求新一轮的融资。


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