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干货!高分生信sci常用机器学习算法推荐——SVM

作者:小云爱生信发布时间:2023-09-13

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小果如期而至,又是想大家的一天呢。

 

什么是SVM?

小果今天带大家学习的技术点是一个经典的机器学习算法——支持向量机(SVM),这是一种常见的判别方法。在机器学习领域,是一个有监督的学习模型,通常用来进行模式识别、分类以及回归分析。那么这种算法能不能用到生信方向呢?


经过小果阅读多篇高分生信文章后发现,很多文章都用到了这个方法,说明这个方法不简单!接下来就和小果一起通过一个案例来学习一下吧!

 

小果采用的数据是一个临床数据,其中每行为一个病人样本,每列为样本的特征,group为样本的分组。


数据样例展示



所需R包下载安装

数据读取和数据集划分

模型搭建

结果可视化

ROC曲线图

 

分类情况散点图


实验结果会得到ROC曲线图和分类情况散点图,其中ROC曲线绘制的图形面积表示了模型在测试集上的预测准确率,可以看到结果其预测准确率AUC=0.977,分类散点图表示了预测结果的分类情况,不同颜色代表不同分组,圆点代表结果预测准确,加号代表预测错误。


学习结束!小伙伴们有没有感觉茅塞顿开?相信大家以及蠢蠢欲动了吧,快自己动手试验一下吧!(小果新开发的零代码云生信分析工具平台包含超多零代码小工具,上传数据一键出图,感兴趣的小伙伴欢迎来参观哟,网址:http://www.biocloudservice.com/home.html)

 

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