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【科研热点】线粒体自噬相关基因

作者:生信交流平台发布时间:2024-09-09

前面小编跟大家分享过一些科研热点相关的基因集

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今天小编继续跟大家分享一个最近比较热门的基因集—线粒体自噬相关基因集

线粒体自噬(mitophagy)是真核细胞通过自噬机制选择性清除功能失调或者多余线粒体的一种高度保守的细胞进程,该过程能很好的调整线粒体数目并维持细胞能量代谢的稳定。

在活性氧应激、营养缺乏、细胞衰老等作用下,细胞内的线粒体会出现去极化损伤,线粒体外膜电位丧失。随后,自噬体会识别并包裹受损线粒体,再与溶酶体结合,从而促进线粒体内容物的降解。


那么如何获取线粒体自噬相关基因呢?方法其实小编再以往的文章中已经分享给大家了,那就是“他山之石可以攻玉”,“拿来主义”。我们从已经发表的文章中去找。
用mitophagy related gene(MRG)为关键词就可以搜到很多近期发表的文章。

这篇2023年发表在Frontiers in Immunology上的文章,影响因子有5.7

在方法部分就提到了如何获取72个线粒体自噬相关的基因

点击这个连接,就可以跳转到KEGG官网https://www.kegg.jp/entry/pathway+hsa04137


这些就都是线粒体自噬相关的基因了,不过好像跟文章里面给出的数字有些出入,KEGG官网上一共列出了105个基因。

这篇文章也发表于2023年,小编查了一下,影响因子有7分。

文章的方法部分也给出了如何获取83个线粒体自噬相关的基因

小编按照相同的方法,在GSEA官网上找到这个基因集https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/REACTOME_MITOPHAGY.html

一共是39个线粒体自噬相关的基因,跟原文中83个也不太一样。推测的原因是文章中用的版本是 “RECTOME-MITOPHAGY v2022.1.HS"网站上目前的版本是2024.1.Hs ,可能剔除掉了一些基因。
大家可以两套基因集都自己试一下,或者取两个基因集的并集进行后续分析。



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