1区神刊+发文思路！推荐看中国医科大学团队网药+分子对接+湿实验
这篇文章是中国医科大学团队发表于《Biomedicine&Pharmacotherapy》期刊的研究论文。该研究主要以大川芎方（DCXF）对神经性疼痛（NP）潜在的治疗机制为研究方向，通过网络药理学、分子对接等分析技术与动物体内实验验证相结合，进一步阐明了DCXF的分子机制！接下来我们认真分析一下文章亮点吧
1. 经典“三板斧”方法：本研究使用网药+分子对接+动物体内实验，属于是中医药研究最经典有效的套餐，既快速确定了基因靶点，节省了实验时间与成本，同时也采用动物实验验证，进一步增强了该研究结果的可靠性。
2. 期刊选择：《Biomedicine&Pharmacotherapy》是一本多学科的期刊，涉及基础科学与临床各领域，特别是药学类沾边就收，审稿时间在60天左右，还不收取版面费，简直就是救命神刊啊！此外该刊发文量大，年发文量在1500+，其国人发表率就超过50%，广受国人欢迎！且影响因子6.9，也能满足大部分科研单位的要求啦！宝子们有需要的可以试试投一下噢~
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题目：基于网络药理学、分子对接和分子动力学模拟探索大川芎方治疗神经性疼痛的优质成分和机制
杂志：Biomedicine & Pharmacotherapy
影响因子：IF =6.9
发表时间：2024年7月22日
研究背景
大川芎方（DCXF）是一种用于治疗疼痛的传统中药处方，主要由川芎根茎（CR）和天麻根茎（GR）组成。尽管DCXF的医用历史悠久，但其潜在的治疗机制仍不清楚。因此本研究旨在阐明DCXF的分子机制和推进DCXF在神经性疼痛（NP）治疗中的临床应用提供客观基础。
研究思路
本研究受限通过网络药理学和分子对接技术获得DCXF的关键靶基因，并通过分子动力学模拟证明了其关键基因与其相应化合物之间的关联。随后通过慢性缩窄损伤（CCI）治疗导致的大鼠模型对DCXF治疗效果进行评价，同时采用实时定量逆转录PCR（RT-qPCR）和蛋白质印迹（WB）分析对其作用机制进行验证。
研究结果
1. 疾病化合物常见靶基因的筛选
该研究从OMIM等数据库中获得了1578个与NP相关的靶基因。根据OB（≥30）和DL（≥0.18）标准，从TCMSP和BATMAN数据库共整理出121个DCXF靶基因。两组靶基因之间的交集分析导致在DCXF数据集中确定了40个用于NP治疗的潜在基因靶点，筛选结果如图1所示。
图1. 基于网络药理学研究方法筛选DCXF治疗NP的基因靶标
2. PPI网络构建和枢纽基因筛选
随后将40个潜在的治疗基因靶点导入STRING数据库，总共衍生了35个节点和117个边缘，说明了基因靶点之间的相互作用关系。结果如图1D所示，每个基因靶标的显著性由圆形区域的大小和其颜色的强度表示。较大的圆形区域和较深的颜色表明基因靶标的重要性更高。
3. 药物疾病共同靶基因的GO和KEGG通路富集分析
图3A-B显示了GO和KEGG富集分析的前十个结果。在BP分类方面共同靶基因的富集结果主要涉及由第二信使介导的信号转导和兴奋性突触后电位。对于MF分类在前列腺素受体活性和类固醇结合中观察到富集。主要的KEGG通路富集包括神经活性配体受体的相互作用，以及炎症介质对钙信号通路和瞬时受体电位（TRP）通路的调节。
图2. DCXF-NP 共同靶基因的GO和KEGG富集分析
4. 通过ADMET筛选优质化合物
本研究从DCXF获得了3种相关化合物其结构以图3，这些化合物表现出优异的水溶性，易于肠道吸收，并且无肝毒性。因此它们被认为是DCXF处理NP的优质化合物。
图3. 对三种化合物进行ADMET分析
5. 分子对接
研究结果显示，在15个核心基因中有8个基因与相应的化合物成功对接。根据对接分数，成功对接的前5个化合物和基因靶点显示在图4A-E。将评分排名前5位的基因靶点用于后续研究。
图4. 化合物和相应的蛋白质通过Discovery Studio进行分子对接
6. 关键基因靶标的GO和KEGG通路的富集分析
使用GO和KEGG通路对分子对接结果中排名前5位的关键基因靶点进行富集分析。图5A-B说明了前5名GO分析结果和5个最重要的KEGG通路结果。因此根据富集结果可以推断DCXF治疗通过神经活性配体-受体相互作用和TRP通道的炎症介质调节对NP产生主要影响，导致炎症反应的抑制和神经受体配体信号的中断。
图5. 关键基因靶标的GO和KEGG富集分析
7. 分子动力学模拟结果
随后该研究选择4个对TRP炎症介质和神经受体配体相互作用具有特异性的关键基因进行分子动力学模拟，验证关键基因靶标与相应化合物结合后的稳定性。RMSD结果表明，化合物结果稳定在70-80 ns，关键基因靶点及其相应化合物表现出稳定的趋势。
8. 动物行为实验评价
行为结果表明CCI诱导大鼠PWMT和PWTL显著降低，并且DCXF的给药减轻了大鼠对疼痛的刺激反应。比较分析发现，在5×DCXF治疗的大鼠中观察到的改善低于10×DCXF治疗，而与10×DCXF相比，20×DCXF治疗的大鼠并没有表现出更好的性能，如下所示图6。以上结果表明10×DCXF可能是治疗NP的最佳治疗剂量。
图6. DCXF对CCI诱导的机械痛觉过敏和热痛觉过敏的影响
9. DCXF调节TRPV1、PRKCB、NR3C1和ADORA2A的表达
使用RT-qPCR和western blot技术进行了实验验证，发现TRPV1、ADORA2A、NR3C1和PRKCB在TRP炎症介质通路和神经受体配体相互作用通路中富集。如图7A-H所示CCI后第7天背根神经节中mRNA和蛋白水平显著升高。值得注意的是与5×DCXF组的大鼠相比，10×DCXF组的大鼠表现出更显着的下降，这也证实了该研究预测的治疗靶点的可靠性和有效性。
10. DCXF抑制炎症因子的表达
在5个实验组中评估TNF-α、IL-6和IL-1β三种炎症因子的表达水平（图7I-K）。研究结果显示，CCI建模后炎症因子显著上调。值得注意的是与5×DCXF相比，10×DCXF 给药进一步降低了TNF-α和IL-1β的表达。这种表达趋势也与行为评价一致，表明10×DCXF可能是DCXF治疗NP的最佳剂量。
图7. DCXF抑制CCI诱导的NP关键基因靶标和炎症因子的上调
文章总结
本研究在识别高质量化合物、阐明关键靶点以及了解与DCXF对NP的疗效相关的关键途径方面取得了重大进展，为未来解决NP的药物开发提供了有价值的见解和前景。读完此篇宝子们是不是都心动了啊？只要选对研究方法和期刊，拿下SCI易如反掌！如有兴趣的宝子可以后台滴滴小薇噢，有关投稿选刊和实验设计的问题，有问必答，回复咔咔快！欢迎来滴滴噢~