时空日报 | Nature Genetics：原发性和转移性胰腺癌的空间转录组学分析强调了肿瘤微环
大家好，欢迎观看《时空日报》第304期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、原发性和转移性胰腺癌的空间转录组学分析强调了肿瘤微环境异质性
Spatial transcriptomic analysis of primary and metastatic pancreatic cancers highlights tumor microenvironmental heterogeneity
Nature Genetics; IF: 31.700; DOI: 10.1038/s41588-024-01914-4
内容概要：
① 尽管在医学研究中，手术切除的胰腺导管腺癌（PDAC）的空间、细胞和分子特征已被广泛记录，但关于其转移生态的具体特性仍然是一个未解之谜。为了深入探索这一领域，研究人员采用了空间解析转录组学技术，对匹配的原发性和转移性PDAC样本进行了详细分析。
② 通过这项技术的应用，他们惊人地发现了一种跨解剖区域的保守连续性，即纤维化、代谢和免疫抑制的空间生态型在PDAC中普遍存在。这一发现不仅揭示了PDAC肿瘤微环境的复杂性和多样性，还展示了其空间异质性远超以往的认识。这种异质性不仅体现在不同解剖区域之间，还深入到肿瘤内部的每一个细微角落。
③ 进一步的比较分析显示，这些空间生态型在原发性和转移性PDAC之间表现出显著的富集差异。这一发现暗示了PDAC细胞在转移过程中具有高度的适应性，能够根据不同环境的需要调整自身的基因表达和代谢活动，以实现生存和进展。特别值得注意的是，侵袭性边界生态型中同时出现了促肿瘤和抗肿瘤细胞类型的富集，这为未来的免疫治疗提供了潜在的靶点。此外，不同患者之间的生态型异质性也强调了个性化治疗的重要性，即需要根据每个患者的具体情况来制定针对性的治疗方案。这项研究不仅为我们揭示了转移性PDAC的生物学特性提供了新的视角，还为未来的治疗探索和分子研究提供了宝贵的资源。
疾病研究：胰腺导管腺癌，肿瘤微环境，空间转录组; Khaliq AM, Rajamohan M, Saeed O, et al.; Melvin and Bren Simon Comprehensive Cancer Center, Indiana University School of Medicine, Indianapolis, IN, USA.
2、多组学单细胞测序揭示混合表型急性白血病的干细胞样特性
Multiomic single cell sequencing identifies stemlike nature of mixed phenotype acute leukemia
Nature Communications; IF: 14.700; DOI: 10.1038/s41467-024-52317-2
内容概要：
① 尽管近年来科学家们已经发现混合表型急性白血病（MPAL）与某些遗传病变之间存在联系，但仍有一大部分患者的具体驱动突变尚未明确，且没有特定的遗传亚型能够准确预测其临床结果。这一现状使得MPAL的治疗策略仍显得模糊不清，患者的整体预后也普遍不佳。
② 为了深入了解MPAL的复杂性和多样性，研究人员对14例新诊断的成人MPAL患者进行了多组学单细胞分析。他们通过这种方法，全面描绘了MPAL在肿瘤内部和肿瘤之间的转录组、免疫表型和遗传特征。令人惊讶的是，研究发现无论是MPAL的遗传特征还是转录组特征，都无法与特定的免疫表型建立可靠的关联。然而，在这复杂多变的背景下，研究人员发现了一个共同的特征：MPAL母细胞表达了一种共享的干细胞样转录组特征，这一特征表明这些细胞具有高分化潜能。
③ 进一步的分析揭示了这一发现的临床意义。在研究人员的数据集中，那些分化潜能最高的患者表现出了较差的生存率。为了验证这一发现的普遍性和实用性，他们基于在干细胞样MPAL细胞中高度富集的基因，推导出了一个基因集评分MPAL95。这个评分不仅适用于批量RNA测序数据，而且能够在独立的患者队列中预测生存率。这一发现为MPAL的临床风险分层提供了一种新的潜在策略，有望为患者提供更个性化和精准的治疗方案。
疾病研究：混合表型急性白血病，多组学单细胞分析，单细胞测序，免疫表型; Peretz C, Kennedy VE, Walia A, et al.; Division of Hematology and Oncology, Department of Pediatrics, University of California San Francisco, San Francisco, CA, USA.